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五月八日深夜，陳水扁總統主持ＳＡＲＳ高層會報，指示「國軍預防醫學研究所」整合國內防疫醫療資源，全力開發ＳＡＲＳ疫苗及治療方法。預防醫學研究所是國軍極機密的單位，從事生物戰防護的科學研究，由於ＳＡＲＳ疫情，且在三軍統帥親自唱名下，終於正式曝光。
在此之前，五月六日，國防部到立法院專案報告，預研所也首度列席。立委顧崇廉還指責國防部說，預研所成立已卅年，是國外蒐集台灣軍力情報的重點單位，國防部就這樣曝光，如有洩密要負全責。可見這個單位的敏感度與機密性。
國軍預研所位於三峽山區，是在老總統蔣介石指示下，由以色列協助成立。預研所營區相當隱密，警衛森嚴，為安全起見，軍方還大筆收購附近土地，一棟棟研究單位，錯落於數十公頃營區內，外界很難窺伺。
早年，三峽的預研所、龍潭的核研所，以及屏東九鵬飛彈試射基地，由於具有發展「核生化」武器能量，是國軍三大神秘單位，也是國際衛星偵照監控的軍機重地。
軍方知情人士說，預研所早年「的確具有生物戰的攻擊能量」，但隨著國軍戰略調整，現在「只做細菌防禦作戰研究，不會發展攻擊性的生物武器」。為恐引起國際誤解，在參謀總長劉和謙時代，將預研所機密等級由「極機密」改為「機密」，並首度邀請衛生署、中央研究院等防疫專業人員參訪，以釋疑慮。
而國際間之所以懷疑台灣「有能力研製生化武器」，係十多年前，在美國不肯出售的情況下，軍方斥資數億經費，自法國買了一套Ｐ４微生物隔離實驗室，即為第四級（最高等級）的實驗室。據了解，預研所的Ｐ４實驗室，亞洲僅日本才擁有同級的，而我衛生署疾病管制局，僅有Ｐ３實驗室。陳水扁總統指示預研所負責研製ＳＡＲＳ疫苗，是有所本的。
據了解，預研所這個高度機密的Ｐ４，設於營區深處一棟建築物的地下室，緊臨山壁，在軍方層層關卡管制下，只有極少數軍方研究人員曾進入。
不過，三年前，九月中旬的一場納莉颱風，預研所多處山崩，Ｐ４所在的研究樓層山壁崩塌，土石流衝進建築物，淹沒達一層樓深，Ｐ４實驗室部分設施大量覆蓋土石，軍方決定搶救。「最後，花費上億元經費」，並請法方技術專家來台，始恢復運作。所幸，預研所並未研發生物戰細菌，否則後果不堪設想。
據指出，預研所除了Ｐ４這套敏感實驗室，還有一個動物實驗室，一般生物研究配備的動物實驗室，以老鼠等小型動物居多，預研所則有中大型的實驗動物，最大的是馬。軍方高層說：「這些馬是很可憐，常被注射些奇怪的針。」
前國防部長唐飛任內曾特別召開會議，討論預研所的「未來定位」。近年來，預研所以研究各類病毒防護為任務，還曾派員遠赴非洲加彭共和國，研究調查四級病毒。
一般傳染病的細菌，如炭疽、漢他等是做為生化武器最好的工具，因為醫學上可以控制並輕易改變細菌結構。中共在生化武器研究上有相當的基礎，針對生化戰的可能威脅，預研所工作便是以細菌防禦為主。
至於國軍生物戰防護戰力，預研所所長劉鴻文指出，國軍已建置天花、鼠疫、炭疽熱及肉毒桿菌等生物戰劑的快速偵檢能力及完善防治標準作業程序，一旦遭受生物戰攻擊時，預醫所在國防部指揮下能快速啟動各戰區醫療網等防護機制。
陳總統點名預研所研製ＳＡＲＳ疫苗與防護方法，讓「隱姓埋名」三十餘年的「解毒英雄」、外界又極其陌生的預研所，掀開神秘面紗，正式於防疫作戰的第一線亮相。
所長劉鴻文美加雙料博士
國軍預防醫學研究所，隸屬國防醫學院，共分流行病學、細菌學、免疫學、生化學、產程學、病毒學等六個組，同時擁有第四級生物安全實驗室（Ｐ４實驗室），現任所長劉鴻文，為國防醫學院醫學士、美國華盛頓大學哲學博士，加拿大英屬哥倫比亞大學醫學院婦產科男性生殖研究室博士後研究。
劉鴻文對動物實驗亦有深研，曾與所內同仁發表「人類腫瘤移植於裸鼠之飼養探討」等論文。前兩任所長分別是蕭孟芳與王天美，蕭孟芳是英國倫敦大學臨床熱帶醫學系博士，王天美為國防醫學院牙醫學士，美國猶他大學醫學院解剖學研究所博士。
數年前，預研所首度曝光，係內部發生黑函事件，某前任所長因此調職，外界始知這個神秘單位。
據了解，該起弊案是前所長蕭孟芳遭檢舉，為求報銷行政院國科會、衛生署等申請專題研究計畫補助經費，涉嫌勾結廠商，預先開立不實發票報銷，金額逾二百五十萬元。調查局與台北地檢署偵結，起訴四名業者；蕭孟芳則由軍檢署偵辦。
由於檢舉事件讓預研所這個神秘單位曝光，讓參謀本部相當震怒，加上預研所任務為生物戰防護，於是將該單位等級，由「極機密」降為「機密」，編制與研究能量均受影響。
反制生物戰湯曜明具信心
國防部長湯曜明對國軍「預防醫學研究所」，多次給予高度肯定，九一一事件後，湯曜明曾在軍方內部表示，恐怖攻擊事件發生後，國內外對於面臨生物戰劑炭疽桿菌病毒攻擊的恐慌，甚囂塵上之際，「預防醫學研究所」等相關部門，能夠以長期從事病毒醫學及生物防護的優異成果，適時提出多項有效的防制措施，不但提供國軍安全防護，更重要的是降低了廣大民眾的疑懼，這些作為是值得肯定的。
這次ＳＡＲＳ防疫作戰，國軍「視同作戰」，預研所被賦予重任，陳總統亦有高度期待，應與湯曜明對預研所信心有關。
湯曜明曾對預研所表示，九一一事件後，整個戰爭型態起了革命性的轉變，戰爭手段、範圍及目標都突破了以往單純軍事武力戰的範，各國遭受生化攻擊之威脅也隨之急遽昇高，尤其當前國際反恐怖戰爭正展開之際，台灣不能完全排除遭受恐怖份子直接攻擊或間接由「境外移入」之可能，所以近期來相關於「炭疽熱」及「生物防護」的問題，遂成為世人甚至全體國人高度關切之議題。
湯曜明還說，當前台灣「災害防治法」雖然已公佈實施，但是各級地方政府並未建立起完善的救災機制與能量，國軍有責任也有義務協助政府建立起來。
湯曜明又表示，目前台灣的作法，是以國軍既有的能量，來協助衛生署，建立生物防護的能量與機制；同時更重要的，要優先把國軍生物防護整體的防制機能建立起來，才能藉著快速精準的偵檢技術與應變能力，迅速而有效的反制生物戰劑攻擊，確保國軍及國家整體的安全。
預研所坐落三峽白雞山
國軍預防醫學研究所，地處台北縣三峽白雞山區山區，緊隔前中科院飛彈製造中心，約十分鐘車程。若再行半小時車程，則是前中科院核研所營區。加上屏東九鵬飛彈試射場，從載具到核生化研發，一應俱全，難怪當年設立預研所，國際疑慮始終未息。
現今，中科院飛彈製造中心，包括天弓等飛彈都是在該處生產，更名為系統製造中心，並改隸聯勤總部。中科院核研所則應張憲義事件而撤除。預研所組織編制也多次調整，由隸屬中科院到直屬參謀本部，現則改隸國防醫學院，並由國防大學節制。
儘管預研所早已不再進行生物戰「攻勢」研究，並改為防護作為，組織編制也一再調整萎縮，但是，預研所的森嚴戒備與神秘性，還是不曾褪色。除了少數高層防疫官員與合作學者，包括立法委員、媒體，從未開放參訪，甚至連軍方高層官員，去過預研所的，亦極少數。
預研所營區，位置三峽白雞山區，沒有門牌，對外連絡，一律以台北三峽郵政九○○四八－七○○信箱。根據軍方人士透露，預研所佔地約三十多公頃，為了加強隱密性，曾不斷增購鄰近土地。由於營區廣闊，與九鵬飛彈試射場一樣，進了營區第一道門，根本看不到任何建築物，還要再車行一段山坡路，進入第二道警衛看守的營門，才是預研所辦公室。接著為散落各處的研究單位。
據了解，預研所以前編制較大，而且待遇比照中科院，所以吸引一批生物、防疫專家。這些人若離開預研所，很多在中央或地方防疫機關，以及高等學府任職。現今待遇無法比照中科院，優秀人才逐漸流失。
「解毒英雄」
還原百萬劑天花疫苗
國軍預防醫學研究所，是一群無名的「解毒英雄」。台灣每次出現病毒病例，無論人畜，都看得到預研所身影。但因軍事機密性，一旦取得成果，便隱身退出，研究結果有時亦會透過學術單位掛名發表，本尊顯少現身。
八十八年十一月，台北市北投紗帽路梅花騎馬俱樂部出現母馬「黑玫瑰」感染炭疽病死亡疫情。由於炭疽病在台灣於四十二年起就沒有動物感染病例發生，六十一年後，不再有人受感染之病例報告。此病傳染力極強，日軍侵華時期曾被作為生物戰劑。這個著名的「黑玫瑰」案，不僅防疫單位震驚，連衛生署也沒有檢驗設備，只有預研所有檢驗能力，軍方隨即派員處理。
預研所最後檢驗出病毒，參與成員張簡夢麟中校，還在立法院公廳會發表報告，並提醒衛生單位不可掉以輕心，炭疽病毒可能比口蹄疫更可怕。因為口蹄疫病毒可能隨豬隻死去而消滅，但屬於孢芽形態的炭疽桿菌，卻能在宿主死去後還有存活的機會。
九一一事件後，恐怖分子一度以炭疽病毒，以信件方式攻擊美國國境，政府當即責成預研所，負責炭疽病菌及肺鼠疫桿菌防疫準備，並邀請美國陸軍傳染病醫學研究所專家來台教授防疫單位訓練。
前年十二月，黑面琵鷺相繼發生兩波感染Ｃ１型肉毒桿菌毒素集體暴斃事件，第一波有六十六隻不治。預研所隨即主動南下，進行環境毒素分析結果，推論北漁塭應為主要毒源區，認為黑面琵鷺應該是在事件發生當晚由主棲地飛往北漁塭，在該處食入泥底中肉毒桿菌芽孢，在早晚溫差大的氣候型態下所產生的毒素，或內臟已經含有肉毒桿菌的活魚。
數年前，花蓮一對吳姓夫婦因漢他病毒猝死，預研所也是站在防疫第一線，事後透過學術單位掛名發表調查結果。
預研所所長劉鴻文有次參加立法院「解開漢他病毒疑雲」公聽會，始間接證實軍方也參與漢他病毒調查案。劉鴻文說，台灣及離島蘭嶼、澎湖都曾測得帶有漢他病毒的老鼠。但是花蓮吳姓夫婦則是首例本土型漢他病例，是否如八十六年口蹄疫禍首是來自中國大陸，預研所人員並密集追查。
事實上，預研所在八十三至八十五年，曾在台灣本島及金馬外島等地的海港及機場，捕獲五千五百六十八隻老鼠，研究鼠類漢他病毒，且連續十年，一直在馬祖進行鼠類相關重大傳染病疫情調查工作。
美伊戰事期間，生化戰陰影揮之不去，歐美國家重要官員多接種天花疫苗。預研所即奉命還原早年留下的天花疫苗，超過百萬劑，一旦傳出病例，即優先替中央官員施打。
面對ＳＡＲＳ疫情，國防部早已指示預研所成立緊急應變小組，並完成（Ｐ４實驗室）第四級生物防護實驗室待命工作。重大病毒感染，預研所從未缺席，卻也極罕露臉。
為伊波拉曾赴加彭取經
據指出，國軍預防醫學研究所，曾在八十七年派員遠赴非洲加彭共和國，研究調查著名的四級病毒「伊波拉」。這項前瞻性研究的目的，一是做為國內醫學預防體系相關單位參考，再者為國軍生化防禦作戰預做因應。
伊波拉病毒是世界著名的四級病毒之一，可經空氣傳染，死亡率高達百分之八十到九十，幾乎是感染就致命，好萊塢電影「危機總動員」曾描述這個病毒的可怕。
由於國內對伊波拉病毒幾無認識，而美軍在加彭共和國有個專門研究單位，軍方遂派預研所前往加彭參與調查。據內部人士指出，預研所前往非洲加彭共和國等地的伊波拉病毒調查研究中心，是學習該病毒的偵檢防治技術，並非採集該項病毒，更不會引進，因此不會危害民眾生命安全。
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